มีหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับกลุ่มงานปฏิบัติการ
1 โดยดูแลระบบบำบัดน้ำเสียในความรับผิดชอบ คือ โรงควบคุมคุณภาพน้ำขนาดใหญ่ 2 แห่ง ได้แก่ โรงควบคุมคุณภาพน้ำช่องนนทรี โรงควบคุมคุณภาพน้ำสี่พระยา
โรงควบคุมคุณภาพน้ำขนาดชุมชน 5 แห่ง ได้แก่
โรงควบคุมคุณภาพน้ำบางนา โรงควบคุมคุณภาพน้ำคลองเตย โรงควบคุมคุณภาพน้ำร่มเกล้า
โรงควบคุมคุณภาพน้ำคลองจั่น และโรงควบคุมคุณภาพน้ำหัวหมากควบคุม รวมทั้งป้องกัน ตรวจสอบ เฝ้าระวังและแก้ไขคุณภาพน้ำในแหล่งรับน้ำสาธารณะตามเขตต่าง ๆ ได้แก่ บางนา พระโขนง ประเวศ
คลองเตย ยานนาวา บางคอแหลม สาทร ปทุมวัน บางรัก สัมพันธวงศ์ สะพานสูง สวนหลวง
บางกะปิ บึงกุ่ม มีนบุรี ลาดกระบัง คลองสามวา คันนายาว และหนองจอก