มีหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับกลุ่มงานปฏิบัติการ 1 โดยดูแลระบบบำบัดน้ำเสียในความรับผิดชอบ
คือ โรงควบคุมคุณภาพน้ำขนาดใหญ่ 2 แห่ง ได้แก่ โรงควบคุมคุณภาพน้ำหนองแขม
โรงควบคุมคุณภาพน้ำทุ่งครุ โรงควบคุมคุณภาพน้ำขนาดชุมชน 2 แห่ง ได้แก่ โรงควบคุมคุณภาพน้ำรามอินทรา และโรงควบคุมคุณภาพน้ำบ่อนไก่ ระบบรวบรวมและระบบบำบัดน้ำเสียในเขตพระราชฐานและสถานที่สำคัญๆ
รวมทั้งควบคุม ป้องกัน ตรวจสอบ
เฝ้าระวังและแก้ไขคุณภาพน้ำในแหล่งรับน้ำสาธารณะ โดยรับผิดชอบตามเขตต่าง ๆ ได้แก่
ธนบุรี บางกอกใหญ่ คลองสาน ตลิ่งชัน บางกอกน้อย บางขุนเทียน ภาษีเจริญ หนองแขม ราษฎร์บูรณะ บางพลัด จอมทอง บางแค
ทวีวัฒนา ทุ่งครุ และบางบอน