มีหน้าที่ศึกษา ควบคุม กำกับดูแล
และดำเนินโครงการต่างๆ ให้บรรลุวัตถุประสงค์ที่กำหนด ได้แก่
การจัดทำแผนแม่บทและศึกษาทบทวนแผนแม่บทการจัดการคุณภาพน้ำ ศึกษาความเหมาะสมของโครงการบำบัดน้ำเสียในพื้นที่ต่างๆ สำรวจและออกแบบระบบรวบรวมน้ำเสียและระบบบำบัดน้ำเสีย คัดเลือกที่ปรึกษาเพื่อดำเนินงานที่เกี่ยวข้อง
และโครงการอื่นๆในลักษณะเดียวกัน จัดทำราคากลาง
การประมาณราคา การจัดทำขอบเขตของงาน (TOR) และการจัดหาผู้รับจ้างจนได้ผู้รับจ้างมาดำเนินโครงการต่อไป ดำเนินโครงการบำบัดน้ำเสียขนาดใหญ่ในลักษณะเอกชนร่วมทุน (Public
Private Partnership) ส่งเสริมการนำน้ำที่ผ่านการบำบัดน้ำเสียกลับมาใช้ประโยชน์
ส่งเสริมการนำน้ำที่ผ่านการบำบัดจากโรงควบคุมคุณภาพน้ำของกรุงเทพมหานคร
โดยการศึกษาสำรวจความต้องการใช้น้ำของประชาชนและหน่วยงานต่าง ๆ พิจารณาแนวทางการนำน้ำที่ผ่านการบำบัดกลับมาใช้ประโยชน์และประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง พิจารณาแนวทางกำหนดมาตรฐานการนำน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดไปใช้ประโยชน์ในกิจกรรมต่างๆ
รวมทั้งให้ความรู้แก่ผู้ใช้น้ำที่ผ่านการบำบัดและผู้ปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้อง รวบรวมข้อมูลปริมาณการเกิดตะกอนน้ำเสีย
จัดทำคู่มือการปฏิบัติงาน การควบคุม การตรวจสอบและติดตามการจัดการตะกอนน้ำเสีย ศึกษาวิจัยและพัฒนาคุณภาพและปริมาณน้ำเสียก่อนนำกลับไปใช้ประโยชน์
ศึกษาและแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นเกี่ยวกับการจัดการตะกอนน้ำเสียประสานความร่วมมือกับหน่วยงานอื่นทั้งภายในประเทศและต่างประเทศหรือสถาบันการศึกษาด้านเทคนิควิชาการ
เพื่อพัฒนาเทคโนโลยีการจัดการน้ำเสียและตะกอนน้ำเสีย วางแผนการจัดการคุณภาพน้ำ
การประสานงานและสนับสนุนข้อมูลให้แก่ หน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อหาแหล่งทุนในการดำเนินการบำบัดน้ำเสีย
และกำจัดทิ้งอย่างถูกสุขลักษณะ เพื่อไม่ให้เกิดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง